Masjid Menara Kudus merupakan peninggalan Sunan Kudus. Pada saat pembangunannya dinamai dengan Masjid Al-Aqsa, karena batu pertama bangunan masjid tersebut didatangkan dari Jerussalem.

Menara tersebut dibangun atas prakarsa Syekh Ja’far Shodiq pada sekitar abad ke 16. Hal ini dibuktikan dengan adanya candrasengkala yang berada di tiang menara yang berbunyi gapura rusak ewahing jagad.

Menurut Soetjipto Wirjosoeparto, sebagaimana dikutip Solichin Salam (1988), candrasengkala itu menunjukkan Gapuro (9), Rusak (0), Ewah (6) Dan Jagad (1) yang dalam bahasa Jawa dibaca dari belakang  menjadi 1609. Sehingga disinyalir bahwa menara ini tersebut dibangun pada tahun Jawa 1609 atau 1685 M. Secara arsitektural, bentuk Menara Kudus lebih mirip dengan bangunan candi Hindu-Budha.

Bangunan klasik yang terbuat dari batu bata yang konon disusun tanpa menggunakan perekat setinggi 18 m mengisyaratkan adanya proses akulturasi budaya Hindu-Jawa-Islam yang pernah terjadi ketika penyebaran agama Islam oleh Sunan Kudus di wilayah Kudus.

Bangunan menara terdiri 3 bagian pokok yaitu kaki, badan dan puncak bangunan. Kaki dan badan diukir sebagaimana motif tradisi Jawa-Hindu, dan bagian puncak bangunan mustaka yang berupa atap tajug yang ditopang oleh empat batang saka guru.

Di sekeliling bangunan dihias dengan piring-piring biru dengan lukisan masjid, manusia dengan unta dan pohon kurma berjumlah 20 buah dan 12 piring buah  berwarna merah putih dengan lukisan bunga sebagai hiasannya.

Ketika agama Islam dibawa oleh para pedagang dari China, Gujarat dan Persia di Indonesia, penduduk Indonesia terutama Jawa bukan masyarakat tanpa keyakinan dan budaya. Masyarakat nusantara telah memeiliki budaya dan tradisi, yaitu budaya Hindu-Budha yang telah mengalami proses akulturasi dengan budaya asli Jawa.

Agama-agama yang datang ke Jawa akan mengalami “Jawanisasi”, sehingga  ajaran-ajaran dari agama baru tersebut digabungkan dengan ajaran yang saat itu sedang berlaku. Dari proses pertemuan itulah memunculkan budaya dan tradisi baru atau biasa disebut dengan akulturasi.

Sunan Kudus yang menjadi bagian dari 9 wali yang terkenal di pulau Jawa merupakan penyebar Islam yang berasal dari Jerussalem. Sunan Kudus menyebarkan agama di wilayah yang saat ini dinamakan kota Kudus tidak serta merta menghapus budaya lokal yang telah berkembang dan mendarah daging di lingkuran masyarakat setempat.

Banyak hal yang dilakukan oleh Sunan Kudus sebagai siasat menarik perhatian masyarakat Kudus yang saat itu mayoritas memeluk agama Hindu. Di antaranya adalah larangan penyembelihan sapi sebagai hewan yang dikeramatkan oleh pemeluk agama Hindu-Budha dan yang paling urgen dari dari aspek seni bangunan adalah arsitektur masjid dan Menara Kudus yang sarat akan kebudayaan Hindu.

Terdapat silang perdapat di antara para arkeolog dan sejarahwan yang mengatakan bahwa kemungkinan Menara Kudus adalah candi Hindu yang kemudian dirawat dan diletarikan oleh Sunan Kudus. Namun, pernyataan tersebut dibantah oleh Soetjipto Wirjosoeparto, bahwa jika Menara Kudus itu bekas candi, pasti di tengah badan menara relung-relungnya ada bekas candi dan kotak-kotak badan menara yang biasa pada candi terdapat relief-relief dan diatas pintu candi biasanya ada makara, sebaliknya di atas pintu menara tidak terdapat makara.

Simbol candi yang menjadi icon mencolok dari menara ini bukanlah menunjuk pada kegunaan candi sebagai tempat memuja para dewa Hindu-budha, namun inisiatif Sunan Kudus membangun menara yang menyerupai candi adalah sebagai penarik perhatian umat Hindu agar dengan mudah menerima ajaran Islam yang elastis dan tidak menolak keseluruhan bentuk budaya terutama arsitektur agama Hindu.

Jika umat Hindu datang ke candi untuk melakukan penyembahan kepada para dewa maka ketika ajaran Islam mulai diterima, mereka datang ke menara atau candi untuk melakukan penyembahan kepada Tuhan Yang Maha Esa di Masjid Al-Aqsa yang terletak di sebelah menara. Konon, Sunan Kudus menggunakan menara tersebut untuk mengumandangkan adzan dan memberikan pengumuman tentang awal bulan Qamariyah.

Menara Kudus, dengan demikian, merupakan wujud dakwah akulturatif yang dilakukan oleh para penyebar agama Islam di nusantara terutama Sunan Kudus dari segi seni bangunan. Hal tersebut menunjukkan betapa besar kebijaksaan serta toleransi antar agama  yang ditanamkan oleh para wali.

Narasi Masjid Menara Kudus memberikan pelajaran penting sekaligus bukti bahwa proses Islamisasi tanah Jawa bukanlah dengan jalan kekerasan namun justru kelembutan yang ditawarkan. Dampaknya, Islam bisa menjadi agama mayoritas yang berkembang di Indonesia.